Magazyn tranzytowy służy zwykle do przyjmowanych materiałów, do inspekcji ilościowo – wartościowej. Jest to niezbędne aby umożliwić identyfikację przysłanych materiałów, odbiór ilościowo – jakościowy oraz obsługę reklamacji. Po odbiorze ilość przyjęta przekazywana jest do jednego z normalnych magazynów. Magazyn taki często jest traktowany specyficznie. Materiały w odbiorze normalnie nie mogą być wydawane do produkcji – nie istnieją w ogólnej ewidencji stanów, jednak w specyficznych sytuacjach np. przy braku materiałów do produkcji można je wydać. Powstaje wtedy w ewidencji sytuacja nietypowa – wydanie materiału, którego nie ma w ewidencji – ujemny stan magazynowy z czym, o ile takie sytuacje są dopuszczalne, oprogramowanie powinno sobie poradzić.