Ponieważ fale radiowe nie mają administracyjnych barier, należy zapewnić łączenie się terminali tylko właściwych stacji bazowych i zabezpieczyć właściciela przed obcymi telefonami, które mogłyby chcieć logować się do "jego" stacji. Urządzenia te mają być popularne, zatem mogą pojawić się interferencje między sąsiednimi komórkami uruchomionymi blisko siebie. Tradycyjny algorytm wyboru stacji bazowej przez ruchomy terminal nie ma tutaj zastosowania, podobnie jak kontrola mocy nadajnika stacji bazowej. Jedynym rozsądnym rozwiązaniem jest kontrola stacji femtocell przez operatora, co wymaga opracowania jednolitych narzędzi kontroli całej infrastruktury. Dodatkowo femtokomórki powinny posiadać algorytmy minimalizacji wpływu sąsiednich urządzeń. Pierwsze testy udowadniają, że trudności da się pokonać, ale przy dużej skali wdrożenia nadal pozostaje wiele niewiadomych.

Prywatność i niezawodność

Przy korzystaniu z femtokomórek należy zachować prywatność i poufność korespondencji. Szyfrowanie połączenia w torze radiowym GSM obejmuje obszar między stacją ruchomą (telefonem) a stacją bazową. Femtokomórki muszą również posiadać zabezpieczenia transmisji przez niepewne medium, jakim może być łącze internetowe właściciela. Wymagania odnośnie do prywatności i poufności dotyczą nie tylko operatora, który zgadza się na umieszczenie femtokomórki w pomieszczeniach abonenta. Nawet pobieżna analiza strumienia internetowego przez operatora łącza internetowego, umożliwia wykrycie rozpoczęcia i zakończenia połączenia przez femtokomórkę.

Z tego powodu wymagane są regulacje prawne, które nałożą na operatorów łącz internetowych obowiązek zachowania poufności takich danych. Należy także pamiętać o tym, że sieć komórkowa powinna uniemożliwiać lokalizację użytkownika przez jego rozmówcę. Tymczasem przy domowych stacjach bazowych mogą się zdarzać charakterystyczne zakłócenia wynikające z niedostatecznej przepustowości pakietów. Wprawny rozmówca odróżni je od zaników wynikających z problemów w torze radiowym. Wyjściem jest realizacja QoS w całym torze transmisji danych, co wymaga nakładów operatora i przełoży się na wyższy koszt takiego łącza.