Użytkownicy systemów telekomunikacyjnych uznali projekt upowszechniania procesora szyfrującego Clipper jako obowiązującego standardu za próbę ograniczenia wolności obywatelskich w USA.

Administracja Prezydenta Clintona zaleciła powszechne wprowadzenie szyfrującego procesora Clipper w komunikacji faksowej, modemowej, w poczcie elektronicznej i telefonach. Propozycja wywołała energiczny protest w Departamencie Handlu, na przesłuchaniu, w którym uczestniczyli producenci sprzętu i szefowie działów informatyki dużych przedsiębiorstw. Użytkownicy obawiają się, że szyfry stosowane przez Clippera szybko staną się czytelne nie tylko dla agencji rządowych, ale również dla przestępców.

Zapewnienia rządu, że tak się z pewnością nie stanie, uznano za gołosłowne. Cały problem powstał gdy FBI uzyskało orzeczenie sądu ustalające, że stosowane w USA metody szyfrowania transmisji informacji muszą być udostępniane policji. Sąd uznał, że tajemnica korespondencji powinna być zagwarantowana każdemu użytkownikowi urządzeń telekomunikacyjnych, lecz jednocześnie nie powinna być interpretowana jako prawo wprowadzenia ograniczeń technicznych, uniemożliwiających policji wgląd w przesyłane informacje. Z pozoru nie chodziło o nic więcej, jak utrzymanie zasady, że na wniosek prokuratora policja ma prawo założyć podsłuch. W istocie, FBI żądało jednak czegoś więcej, mianowicie by podsłuch był zawsze czytelny dla policji. Sąd uznał racje FBI.

Zalecenie rządowe dopuszcza jedynie dwie możliwości: nadawanie informacji bez szyfrowania lub w wypadku szyfrowania, korzystanie z Clippera, a nie z innych urządzeń. Użytkownicy systemów telekomunikacyjnych uznali projekt upowszechnienia Clippera, jako obowiązującego standardu za próbę ograniczenia wolności obywatelskich w USA.

Przy okazji skrytykowano też działalność Narodowej Agencji Bezpieczeństwa (National Security Agency) i Instytutu Normalizacji (National Institute of Standards and Technology), które wspólnie opracowały Clippera. Postawiono dwa zarzuty. Cena Clippera może się okazać zbyt wysoka ponieważ zastosowano w nim skomplikowane rozwiązania techniczne. Clipper ma być produkowany w kilku wersjach, niezgodnych ze sobą, by zdobyć zaufanie zagranicznych rządów, które mogą zdecydować, że też chciałyby wprowadzić powszechne szyfrowanie transmisji danych, lecz niekoniecznie życzą sobie, by te transmisje były czytelne dla rządu amerykańskiego, wyposażonego w urządzenia dekodujące. Powstaje więc podejrzenie, że amerykańscy użytkownicy będą musieli pokryć cenę opracowania szyfrów dla obcych krajów.

W urządzeniu zastosowano system "dwukluczowego deszyfrowania". Zarejestrowane dane mogą odczytać tylko dwie instytucje stosujące jednoczeście dwie części programu rozszyfrowującego. To zabezpieczenie ma rzekomo ochronić urzędników państwowych przed korupcją i uniemożliwić zdobycie programu deszyfrującego przez przestępców. Krytycy projektu są zdania, że takie rozwiązanie tylko rozszerzy zasięg korupcji.

FBI bezpośrednio nie uczestniczy w sporze. Twierdzi jednak, że przestępcy i terroryści już zaczęli stosować szyfry nieczytelne dla policji. Ponieważ Clipper nie został dotąd wprowadzony jako szyfr obowiązujący, stosowanie innych szyfrów pozostaje dozwolone. Policja jest bezradna i coraz mniej skuteczna.