Microsoft zapowiedział zmodyfikowanie w kolejnych wersjach Windows 98 elementu Registration Wizard, który obecnie może zostać wykorzystany przez nieuprawnione osoby do zdobycia informacji o użytkowniku systemu. Dla obecnych użytkowników Windows 98 firma udostępniła darmowe narzędzie, usuwające ten element z systemu.

Registration Wizard wysyła przez Internet, podczas rejestracji użytkownika, unikalny numer identyfikacyjny, który jest powiązany z konfiguracją sprzętu. Jak twierdzą przedstawiciele Microsoftu, został on wprowadzony do Windows 98 w celu pomocy użytkownikom w uzyskaniu pomocy technicznej przy ewentualnych problemach z systemem i jest wykorzystywany tylko przy rejestracji i kontaktach z centrum serwisowym. Według przedstawicieli ruchu obrony praw obywatelskich, numery te, podobnie jak numer identyfikacyjny w Pentium III, mogą naruszać prywatność użytkowników.

Oprócz poprawek w Registration Wizard, Microsoft zapowiedział przejrzenie własnej bazy danych i usunięcie informacji, które zostały w niej "nieumyślnie zebrane" dzięki numerom identyfikacyjnym Windows 98.

W Polsce nie ma rejestracji online, dlatego też problem ten nie dotyczy bezpośrednio polskiej wersji Windows 98.