Polacy pomogą w walce z HIV

Cyfronet, Katedra Informatyki Wydziału Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Elektroniki Akademii Górniczo-Hutniczej i krakowska firma GridwiseTech wezmą udział w rozpoczynającym się 1 marca br. projekcie wirtualnego laboratorium wspomagającego badania i przygotowywanie szczepionek - VIROLAB.

Cyfronet, Katedra Informatyki Wydziału Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Elektroniki Akademii Górniczo-Hutniczej i krakowska firma GridwiseTech wezmą udział w rozpoczynającym się 1 marca br. projekcie wirtualnego laboratorium wspomagającego badania i przygotowywanie szczepionek - VIROLAB.

"Głównym celem zarysowanym we wniosku jest oczywiście badanie HIV. Wiadomo jednak, że w przyszłości podobna instalacja może posłużyć do badań nad innymi wirusami" - tłumaczy Olaf Bujak, konsultant z GridwiseTech. Oprócz Polaków w VIROLAB zaangażowane zostały uczelnie z całej Europy: uniwersytet w Amsterdamie (koordynator projektu), uniwersytet w Utrechcie, uniwersytet w Sztutgarcie, a także holenderska firma Virology Education.

Grid dla zdrowia

Zaplanowany na trzy lata i finansowany przez Unię Europejską projekt zostanie oparty - od strony technicznej - na rozwiązaniach grid computing. Jego celem jest stworzenie platformy komunikacyjno-obliczeniowej, udostępniającej dane z baz medycznych, specjalistycznej aparatury medycznej, prac naukowych i innych składnic danych z ośrodków i laboratoriów, prowadzących badania nad HIV. Wirtualne laboratorium pozwalać będzie także na dokonywanie skomplikowanych analiz i ich wizualizacje. Warstwa pośrednia systemu zostanie oparta o narzędzie Globus Toolkit, które umożliwi optymalizację zasobów obliczeniowych oraz współpracę z European Data Grid i CrossGrid.

Naukowcy korzystający z VIROLAB - za pomocą przeglądarki internetowej lub komputera PDA - będą mogli uzyskać dostęp do danych i wyników badań nad wirusem HIV. Stworzenie wielkiej składnicy danych na jego temat usprawni wymianę informacji pomiędzy ośrodkami naukowymi i przyspieszy prace nad skuteczną szczepionką przeciwko AIDS.

Wcześniejsze projekty

Najbardziej znanym projektem wykorzystującym możliwości grid computing do walki z wirusem HIV jest inicjatywa Fight-AIDS@Home wspierana przez World Community Grid. Organizacja ta zrzesza ponad 100 tys. ochotników udostępniających zasoby sprzętowe do obliczeń równoległych. Projekt ten wspiera także IBM, wspomagający jego organizację od strony technologicznej.

W ramach inicjatywy FightAIDS@Home od listopada 2005 r. realizowane są testy interakcji pomiędzy dziesiątkami tysięcy związków chemicznych a mutacjami wirusa HIV. Wokół tego przedsięwzięcia - skalą przypominającego projekt SETI@Home - narosło jednak wiele kontrowersji w środowisku fachowców grid computing. Ich zdaniem projekty takie jak ten to przykład wulgaryzacji koncepcji grid computing, która zakłada nie tylko rozproszenie zasobów (obliczeniowych, pamięciowych i innych), ale także współzależności pomiędzy jednostkami dokonującymi obliczeń.

Niezależnie od przyjętego punktu widzenia pozostaje mieć nadzieję, że stosowane technologie okażą się skutecznym narzędziem w walce z AIDS.