Prokuratura skierowała przeciwko nim akty oskarżenia w lutym 2004 roku. Zarzuty stawiane Stanisławowi Alotowi dotyczyły m.in. podpisania aneksu do zawartej z Prokomem umowy, który w znacznym stopniu zmieniał założenia budowy systemu informatycznego ZUS. Ewa Lewicka-Banaszak, zdaniem prokuratury powinna zaś ponieść odpowiedzialność za to, że "nie informowała rządu o zagrożeniach w realizacji reformy systemu ubezpieczenia społecznego, które wynikały m.in. z opóźnień w zakupach rozwiązań informatycznych".

Uniewinniający wyrok sądu nie jest prawomocny.