Innym przypadkiem są aplikacje, które nie podlegają wsparciu technicznemu, jeśli pracują w wirtualizowanym środowisku. Na przykład bazę danych Oracle można uruchomić w maszynie wirtualnej VMware (a zatem można będzie przenieść do usług cloud computing), ale gdy wystąpią problemy, należy zgłaszany błąd odtworzyć w środowisku pracującym bezpośrednio na sprzęcie. Utrzymywanie dwóch środowisk jest niepraktyczne i znacznie podwyższa koszty.

Są aplikacje, których w ogóle nie da się przenieść do chmury. Jeśli oprogramowanie wykorzystuje platformę sprzętową, która nie ma swojego odpowiednika u dostawców cloud computing, nie można dokonać migracji. Zazwyczaj problemy te dotyczą platform RISC oraz niektórych systemów typu UNIX.

Niebezpieczna chmura

Najważniejszym przeciwwskazaniem migracji do środowiska cloud computing jest jednak niższe bezpieczeństwo danych w chmurze, w stosunku do przetwarzania w obrębie firmy. Bezwzględnym przeciwwskazaniem są regulacje prawne, które wymagają podania lokalizacji składowania danych, nakładają obostrzenia odnośnie do miejsca ich przetwarzania (gdy serwer usługi związanej z finansami musi znajdować się w kraju) lub założeń ochrony (dane osobowe, informacje niejawne). Oznacza to, że żadnej z aplikacji przetwarzającej dane osobowe lub szczególnie wrażliwe (a takimi danymi są dane medyczne lub finansowe) nie można eksploatować w środowisku cloud computing.

Operatorzy cloud computing próbują przygotować nowe usługi, które lepiej nadają się do hostowania informacji wrażliwych, na przykład umieszczając serwerownie w obrębie krajów o zunifikowanych przepisach prawnych (na terenie Unii Europejskiej). Mimo wszystko nie rozwiązuje to problemu braku nadzoru nad fizyczną lokalizacją serwera, który przetwarza wrażliwą informację.

Dodatkowym zagrożeniem jest niska odpowiedzialność usługodawcy za niedotrzymanie warunków dostępności usługi lub utratę danych. Przyczyną utraty danych może być awaria sprzętu lub oprogramowania. Niestety, usługodawcy cloud computing, kierujący swoją ofertę do masowego odbiorcy, bardzo rzadko dbają o wykonywanie kopii bezpieczeństwa, zatem prawdopodobieństwo utraty danych jest znacznie wyższe, niż życzyłyby sobie tego firmy, które z takich usług korzystają. Awarie dotykają także największych, np. problemy z Amazon EC2 w maju 2010 r. spowodowane kłopotami z zasilaniem.

Wścibskie oko konkurencji

Z przetwarzania danych w modelu cloud nie powinny korzystać przedsiębiorstwa posiadające dane, których przejęcie przez konkurencję spowodowałoby duże szkody. Oprócz zapisów ściśle handlowych mogą być to dokumenty związane z kontraktami, receptury, detale techniczne, wyniki badań lub dane pozyskane z innych źródeł. Takie informacje powinny być chronione przed kradzieżą przez konkurencję, a tego cloud computing nie zapewni. Jedynym sposobem ochrony jest zaszyfrowanie informacji, ale w praktyce wymaga to dość dużych nakładów.