Serwer ten - platforma integracji aplikacji i procesów biznesowych - zawiera pewną liczbę mechanizmów specyficznych dla RFID, takich m.in. jak usługa plug-and-play dla urządzeń RFID.

Chociaż głównym celem wydania Beta 2, które jest zaplanowane do wydania pod koniec września, jest RFID, zawiera ono także wbudowane wsparcie dla EDI (Electronic Data Exchange) oraz jest zintegrowane z Vista i Office 2007 (adaptery Windows Communication Foundation i Workflow Foundation w Vista i Office SharePoint Server).

W obszarze RFID Microsoft rozpoczyna od poziomu sprzętowego, zapewniając wsparcie integracji urządzeń RFID za pośrednictwem usługi plug-and-play ułatwiającej dołączanie urządzeń RFID do BizTalk.

Mechanizm plug-and-play obsługiwany jest przez interfejs podobny do SDK, umożliwiający dostawcom urządzeń opracowywanie sterowników dla ich produktów. Microsoft zapewni także obsługę standardów RFID, m.in. Low Level Reader Protocol (LLPR).

BizTalk Server 2006 R2 zawiera także usługi przetwarzania zdarzeń, które filtrują, agregują i transformują dane zbierane z urządzeń RFID.

Mechanizmy RFID mają być zintegrowane z edycją BizTalk Server 2006 R2 Enterprise.