Na przebieg prac wpływa też metodyka projektu. Niektóre z nich koncentrują się bowiem na szybkim stworzeniu działającej aplikacji, inne zaś dodatkowo uwzględniają tworzenie szczegółowej dokumentacji. Stopień sformalizowania całego procesu zależy od podejścia klienta - jego nastawienia na efekty bądź bieżącej kontroli realizowanych prac. Doświadczenie pokazuje, że klienci chcą jak najszybciej widzieć efekt. W związku z tym prace deweloperskie w pierwszej kolejności koncentrują się zwykle na podstawowej funkcjonalności. Dodatkowe funkcje są dodawane iteracyjnie w kolejnych krokach.

Zmiany i ryzyka

Na zarządzanie zmianą w procesie produkcji aplikacji na zamówienie składa się przede wszystkim rozwiązywanie kwestii zmian funkcjonalnych oraz problemów technicznych pojawiających się już na etapie realizacji projektu. Najlepszą metodą na sprawne osiąganie kompromisów w kwestiach dodatkowych funkcjonalności jest przeliczanie wszystkich działań na złotówki i terminy. Podczas realizacji projektu często pojawiają się nowe pomysły na funkcjonalności aplikacji. Ich implementacja oznacza jednak dodatkowe koszty i możliwe przesunięcia terminów. To zaś musi zyskać akceptację sponsora biznesowego. Już na tym etapie często okazuje się, że znaczna część funkcji nie jest potrzebna.

Odpowiednie zarządzanie ryzykiem pozwala skutecznie ocenić wagę problemów napotykanych w trakcie realizacji. Jeśli całkowite wyeliminowanie problemu pociąga za sobą niewspółmierne koszty, to może warto zastanowić się nad zastosowaniem innego podejścia, które w prosty sposób problem ominie? Ryzyko w tym wypadku dotyczyć może relatywnie niewielkiego uszczuplenia funkcji systemu.

Nie tylko aplikacja

Wbrew pozorom samo oprogramowanie nie jest jedynym i najważniejszym owocem projektu tworzenia aplikacji na zamówienie. Choć aplikacja niewątpliwie najbardziej oczywistym efektem całego procesu i zainwestowanych środków to z biznesowego punktu widzenia ważniejsza jest możliwość realizacji określonych procesów przy pomocy nowego narzędzia. Wobec tego narzędzie musi nie tylko pasować do potrzeby biznesowej - musi być użyteczne w praktyce. Już na początku realizacji projektu konieczne jest uwzględnienie dalszych planów rozwoju oprogramowania i ustalenie niezbędnej szczegółowości dokumentacji technicznej, ponieważ na jej obszerność wpływa również m.in. metodyka realizacji projektu. Klient może mieć również wgląd do kodu źródłowego.