W wersji 5.40 wprowadzono wiele nowych funkcji i usprawnień, m.in. usprawnienia w module Data Exchange zapewniające możliwość dostępu do wszystkich zaszyfrowanych plików na nośnikach wymiennych w trybie offline, niezależnie od kluczy użytych do szyfrowania. Poprawiono też niezawodność i kompatybilność sprzętową wprowadzając nowe sterowniki, które uniezależniają środowisko uwierzytelniające SafeGuard Enterprise Power-on-Authentication (POA) od BIOS-u i sprzętu. Oprogramowanie jest wstępnie skonfigurowane dla urządzeń, które dotychczas miały problemy z kompatybilnością.

W niezależnym trybie działania (standalone), SafeGuard Enterprise zapewnia teraz samoobsługowe odzyskiwania zapomnianych haseł - użytkownik może odzyskać zapomnianego hasła poprzez udzielenie odpowiedzi na wybrane losowo pytania (spośród wcześniej ustalonego zestawu). Procedura odzyskiwania haseł obejmuje również hasła do systemu Windows.

SafeGuard Enterprise może być teraz instalowany na komputerach, gdzie znajduje się więcej niż jeden system operacyjny Windows w zaszyfrowanej formie.

Usprawniono też moduł ochrony konfiguracji (SafeGuard Configuration Protection), który teraz jest oparty na kodzie bazowym SafeGuard PortProtector 3.3 i zawiera m.in. opcje definiowania uprawnień "tylko do odczytu" dla nośników wymiennych oraz ustawiania polityk wymagających określonego typu pliku.

SafeGuard Enterprise Server oraz Management Center mogą teraz współpracować z SQL Server 2008. Obsługa systemów 64-bitowych, po stronie klienta oraz serwera, ma pojawić się w następnej wersji pakietu SafeGuard Enterprise.