Najważniejszą z planowanych zmian mają być uproszczenia dotyczące zasad naliczania kosztów osobowych związanych z realizacją projektu. Firmy będą mogły rozliczać takie koszty według normalnie wykorzystywanych zasad prowadzenia ksiąg. Do tej w praktyce niezbędne było prowadzenie odrębnej księgowości tylko na potrzeby wnioskowania i rozliczania środków pochodzących z tego programu. Zmienią się też zasady rozliczania kosztów pracy. W strukturach KE powstać ma również jednostka koordynująca proces przyznawania dofinansowania na różnych etapach. Przed wprowadzeniem w życie zmiany muszą być jeszcze zaakceptowane przez Radę Europejską i unijny parlament.