Ze względu na to, że system SIS zawiera jedynie minimum informacji niezbędnych do identyfikacji osób i przedmiotów, uznano za konieczne umożliwienie państwom strefy Schengen bilateralnej wymiany informacji uzupełniających w celu minimalizowania ryzyka powstawania pomyłek i skutków prawnych z nimi związanych. Dlatego też niezbędne było utworzenie przez każde z państw członkowskich komórek organizacyjnych (zwanych biurami SIRENE - od Supplementary Information REquests at the National Entries), wymieniających niezbędne informacje uzupełniające, pozwalające na potwierdzenie identyfikacji osób i przedmiotów. Biura SIRENE, jako komórki koordynujące, muszą funkcjonować w trybie non-stop spełniając jednocześnie funkcje pojedynczego punktu kontaktowego dla uprawnionych użytkowników systemu SIS w danym państwie członkowskim oraz dla biur SIRENE w innych państwach strefy Schengen.

Dalsze rozszerzanie Unii Europejskiej, wiązało się z podjęciem w maju 2001 r. decyzji o rozpoczęciu prac nad Systemem Informacyjnym Schengen drugiej generacji - SIS II. Decyzja ta wynikała przede wszystkim z rosnących wymagań w zakresie ilości i formatów wymienianych informacji (w tym konieczności wymiany danych biometrycznych). Od czasu uruchomienia systemu SIS pierwszej generacji do czasu podjęcia decyzji o budowie jego drugiej generacji liczba użytkowników uprawnionych do korzystania z informacji w nim przetwarzanych podwoiła się.

SIS II będzie nowoczesnym systemem wykorzystującym powszechnie znane i łatwe w rozwoju i eksploatacji technologie internetowe (m.in. wykorzystujące do komunikacji z użytkownikiem format przeglądarki internetowej). Ponadto SIS II zapewni dostęp do zasobów informacyjnych nie tylko państwom strefy Schengen, ale również organizacjom międzynarodowym - EUROPOL i EUROJUST. Uruchomienie systemu SIS II w ramach projektu prowadzonego przez Komisję Europejską ma nastąpić w grudniu 2008 r. Równolegle do prac nad systemem SIS II, Komisja Europejska we współpracy z państwami członkowskimi prowadzi projekt Systemu Informacji Wizowej - Visa Information System (VIS), który ma zastąpić dotychczasowy system VISON, wykorzystywany przez państwa członkowskie do prowadzenia konsultacji wizowych w procesie wydawania wiz Schengen.