Sequedex skraca do minimum czas potrzebny na przebadanie materiału DNA

Naukowcy z LAN (Los Alamos National Laboratory) zaprojektowali bioinformatyczny system (oprogramowanie), który jest w stanie analizować różne patogeny (takie jak grzyby, wirusy czy bakterie) i identyfikować zawarty w nich kod DNA. Stosując taki system lekarze będą w stanie skrócić czas potrzebny do postawienia diagnozy, na co choruje pacjent, w ciągu kilku godzin (a nie tygodni, jak to ma często miejsce obecnie).

Oprogramowanie jest też w stanie rozpoznać komórki rakowe oraz ich typ, dzięki czemu pacjent może się dużo szybciej poddać np. chemioterapii. Nowy system (bazujący w dużej mierze na podobnym, opracowanym wcześniej również w tym samym laboratorium, rozwiązaniu noszącym nazwę Sequedex) rozpoznaje najpierw wzory (genomy) znajdujące się w krótkich łańcuchach DNA , które zostały wyodrębnione z badanej substancji.

W kolejnym kroku system kojarzy genomy z wzorami różnych materiałów filogenetycznych znajdujących się w bazie danych, która towarzyszy oprogramowaniu. To proces podobny do tego, jaki ma miejsce wtedy gdy prosimy wyszukiwarkę o znalezienie witryn zawierających podane przez nas frazy.

I tak dla przykładu gdy podamy wyszukiwarce Google frazy „stolarz”, „Kowalski” i „Warszawa”, możemy dostać linki odsyłające nas do witryn, na których znajdziemy stolarza noszącego nazwisko Kowalski, który mieszka w Warszawie. Bioinformatyczne oprogramowanie Sequedex pracuje w podobny sposób, generując odpowiedź aż 250 tys. razy szybciej niż konwencjonalne systemy (tzw. sekwenatory) rozpoznawania kodu DNA. I to wszystko z użyciem podręcznego komputera, jakim jest laptop.

Oprogramowanie umieszcza od razu odpowiedź w odpowiednim miejscu na tzw. Drzewie życia (Tree of Life; drzewo pokazujące filogenetyczny podział wszystkich organizmów żyjących się na Ziemi). Umożliwia to szybkie postawienie diagnozy, co jest odpowiedzialne za pojawienie się danej jednostki chorobowej u pacjenta.

Naukowcy twierdzą, że opracowane przez nich oprogramowanie było np. w stanie odkryć bardzo szybko, w ciągu kilku godzin, wirusa wścieklizny. Konwencjonalne laboratorium potrzebuje nawet kilka tygodni na to, aby dać odpowiedź na pytanie, czy mamy do czynienia z takim zagrożeniem.


TOP 200