Za odpowiednie przygotowanie danych do transmisji odpowiada aplikacja oddziałowa ELIXIR-O, przygotowana do pracy pod kontrolą systemu DOS (bądź w linii poleceń systemu Windows). Stanowi ona swego rodzaju interfejs między systemami informatycznymi banków a systemem rozliczeniowym izby elektronicznej KIR. Podsystem ELIXIR-O odbiera dane o wszystkich operacjach finansowych danego oddziału z systemu bankowego, zapisuje je w formie plików BIF i podpisuje elektronicznie z wykorzystaniem klucza prywatnego, przydzielonego danemu oddziałowi. Następnie ELIXIR-O łączy się za pośrednictwem modułu telekomunikacyjnego (podobnie jak w SYBIR-ze niezależnego od aplikacji) z centralą KIR, przekazując pliki BIF (w ramach sesji FTP, w której oddział jest klientem, a centrala - serwerem FTP) do systemu ELIXIR. Następnie są one poddawane weryfikacji pod względem poprawności budowy i zgodności podpisu elektronicznego.

Po zakończeniu sesji rozliczeniowej jej wynik (informacja o wzajemnych zobowiązaniach netto banków) jest przesyłany do NBP i wszystkich central banków. Odbiór danych wyjściowych z KIR, w postaci plików BIF, odbywa się po przekazaniu do KIR żądania odbioru plików (tzw. RFO - Request for Output). Aplikacja ELIXIR-O następnie przełącza się w tryb oczekiwania na pliki wyjściowe (lokalnie uruchamiany jest serwer FTP). Na otrzymane żądanie (po zweryfikowaniu poprawności żądania) odpowiada serwer w KIR, który w trybie klienta FTP łączy się z serwerem FTP w oddziale i przekazuje mu pliki wyjściowe. Podobnie jak przy wcześniejszym przesyłaniu do centrali, tak i w tym przypadku pliki nadsyłane do systemu ELIXIR-O są weryfikowane.

Bezpieczna infrastruktura

Kryteriami kluczowymi dla funkcjonowania KIR są integralność informacji przekazywanych w ramach systemu rozliczeń oraz szeroko pojęte bezpieczeństwo. Dlatego już w czerwcu 1996 r. firma podjęła decyzję o budowie zapasowego centrum przetwarzania, w którym byłyby zduplikowane wszystkie elementy systemu informatycznego, niezbędne do prawidłowego zbierania informacji z BRIR-ów i przeprowadzania sesji rozliczeniowych.

Główną maszynę Unisys A11 uzupełnił pracujący w centrum awaryjnym wydajniejszy serwer Unisys A18, który od razu przejął funkcję podstawowej maszyny produkcyjnej (słabszy A11 miał być wykorzystywany jako maszyna awaryjna). W roku 1999 maszynę A18 zastąpił serwer Unisys NX5800, zakupiony przy okazji znaczącej rozbudowy systemu ELIXIR w związku z planowanym przyrostem transakcji ZUS. Wtedy też w obu ośrodkach zastosowano macierze dyskowe EMC Symmetrix, które zapisywały w czasie rzeczywistym równolegle te same dane na dyskach w obu ośrodkach (KIR była pierwszą instytucją w Polsce, stosującą to rozwiązanie). Macierze połączono światłowodem o długości ok. 20 km, udostępniającym cztery kanały komunikacyjne o przepustowości 200 Mb/s każdy. Trzy z nich są wykorzystywane do komunikacji między macierzami, jeden do bezpośredniej komunikacji pozostałych systemów (np. archiwizacji, zdalnej obsługi operatorskiej, komunikacji z bramką FTP itd.) między centralą a centrum zapasowym.

Łącze to jest dublowane awaryjną radiolinią o przepustowości 4 x 2 Mb/s oraz VSAT, na które ruch jest przełączany automatycznie w razie wystąpienia problemów z łączem podstawowym.

Oprócz typowych zabezpieczeń informatycznych i telekomunikacyjnych oba centra przetwarzania są również wyposażone w typowe zabezpieczenia środowiskowe. Są zasilane z odrębnych podstacji energetycznych oraz wyposażone w generatory prądotwórcze, klimatyzatory i systemy gaśnicze.