Nowe wydanie zawiera wbudowana obsługę RFID i EDI, a także specjalistyczne wsparcie dla sektora medycznego i usług finansowych. Nowe wydanie dostępne jest też w nowej edycji - Branch - przeznaczonej do obsługi połączeń w wewnętrznych procesach łańcucha dostaw.

W edycji dla projektantów Microsoft włączył w nowym wydaniu elementy .Net Framework - ECF (Windows Communication Foundation) i Windows Workflow Foundation - umożliwiające projektowanie aplikacji kompozytowych, takich jak systemy front-end pobierające dane z różnorodnych systemów zaplecza przetwarzającego.

Jednocześnie firma udostępniła do testów BizTalk Server Adapter Pack Beta 2, który ma wspomagać organizacje w procesach integrowania aplikacji biznesowych takich dostawców jak SAP, Oracle czy Siebel System. Adapter współpracuje z BizTalk Server 2006 R2, SQL Server 2005 i Microsoft Office SharePoint Server 2007, a jego wersja finalna spodziewana jest w połowie przyszłego roku.

BizTalk Server 2006 R2 jest dostępny w czterech różnych edycjach: Enterprise - dla dużych przedsiębiorstw (ok. 40 tys. USD za procesor); Standard - dla średniego biznesu w (ok. 8,5 tys. USD za procesor); Branch - dla oddziałów zamiejscowych (ok. 1,8 tys. USD za procesor) i Developer - przykrojona do funkcji projektowania, wdrażania i testowania (ok. 500 USD za programistę).