Źródłem danych wejściowych dla GIS mogą być wszystkie informacje, zebrane w dowolnej formie: mapa zasadnicza, ortofotomapa (zdjęcie lotnicze), obraz satelitarny, ankiety statystyczne, dokumenty z pomiarów geodezyjnych i obserwacji terenowych, jak również wszelkiego rodzaju informacje zapisane lub przetworzone do postaci cyfrowej. Dane do systemu można wprowadzać w rozmaity sposób, np. w procesie digitalizacji lub przez skanowanie map papierowych.

Oprócz map do systemu klasy GIS wprowadzane są cechy nieprzestrzenne, tzn. zbiór właściwości jakościowych lub ilościowych - przypisany do indywidualnych obiektów, zwykle nazywanych atrybutami. I tak np. linia kolejowa może być wprowadzona do geograficznej bazy danych jako ciąg punktów (w przypadku wykorzystywania rastrowego formatu zapisu danych) bądź jako macierz (ciąg wektorów). Ponadto linia kolejowa może charakteryzować się ustalonym sposobem prezentacji graficznej w systemie, określonym przykładowo przez takie cechy, jak kolor, grubość, rodzaj linii. Sposób graficznej prezentacji obiektu może wyrażać część przyporządkowanych mu atrybutów nieprzestrzennych (np. dla linii kolejowej - odpowiednia grubość linii lub kolor mogą wskazywać, czy jest ona zelektryfikowana lub z jaką maksymalną szybkością może się po niej poruszać pociąg). Do systemów GIS dane nieprzestrzenne importuje się często z różnorodnych baz danych, dostępnych w danej organizacji.

Mapy w postaci wektorowej

Bardzo ważną kwestią jest zapewnienie właściwego formatu, umożliwiającego optymalne korzystanie z systemu w zakresie informacji geoprzestrzennych. Największą funkcjonalność zapewniają mapy wektorowe. Ich wektorowy charakter pozwala na edytowanie treści, zmienianie skali, wprowadzanie dodatkowych informacji, sterowanie wyświetleniem grafik oraz sposobem wydruku (np. pokazując tylko obiekty nas interesujące). Wektoryzacja map analogowych jest jednak procesem dość złożonym i długotrwałym. Metodą umożliwiającą natychmiastową wektoryzację danych jest digitalizacja, jest ona jednak bardzo pracochłonna i co za tym idzie kosztowna. Innym rozwiązaniem jest wektoryzacja map i dokumentów po ich uprzednim zeskanowaniu. Jej wynikiem są najczęściej pliki o rozszerzeniach dgn, dwg, dxf. Należy tu dodać, że obecnie w jednostkach zasobu geodezyjnego i kartograficznego trwają prace nad wektoryzacją posiadanych map.