Jak czytamy w dzienniku Rzeczpospolita, dla właścicieli małych i średnich przedsiębiorstw koszty związane z zakupem certyfikatu i urządzeń do składania e-podpisu mogą być bardzo dotkliwe. Certyfikaty kosztują bowiem 190 - 260 zł (na rok lub dwa lata), a urządzenia do składania cyfrowych podpisów - 230 - 450 zł, zależnie od odmian sprzętu i dodatkowych funkcji.

Dodatkowym problemem może być konieczność posiadania przez przdsiębiorstwo więcej niż jednego podpisu elektronicznego. Jak informuje "Rz", z ustawy o podpisie elektronicznym wynika bowiem, że podpis elektroniczny ma identyfikować jedną osobę fizyczną i jest przypisany wyłącznie do niej. W razie dłuższej nieobecności w firmie osoby posiadającej e-podpis, przedsiębiorstwo nie mogłoby przesyłać do ZUS niezbędnych dokumentów.