Podstawowym zarzutem jest brak koordynacji działań i przepływu informacji, co skutkuje opóźnieniem informatyzacji i marnotrawstwem pieniędzy. NIK podjęła kontrolę z własnej inicjatywy, chodziło o sprawdzenie na ile świadczeniodawcy są przygotowani do wdrożenia Systemu Informacji Medycznej oraz jak administracja rządowa buduje system informacji ochrony zdrowia w ramach "Programu Informatyzacji Ochrony Zdrowia". Skontrolowano Ministerstwo Zdrowia, CSIOZ oraz 19 szpitali, a dodatkowo ankiety wysłano do wszystkich świadczeniodawców, którzy hospitalizowali pacjentów na podstawie kontraktów z NFZ. Źródłem informacji byli również marszałkowie województw.

Najwyższa Izba Kontroli negatywnie oceniła realizację przez ministra zdrowia i CSIOZ zadań związanych z budową systemu informacyjnego ochrony zdrowia. Minister po prawie roku od wejścia w życie ustawy nie wydał żadnego z aktów wykonawczych do niej, ponadto ani Ministerstwo ani CSIOZ nie dysponowały kompleksowymi informacjami o zasobach informacyjnych świadczeniodawców i nie koordynowały realizacji Programu oraz prowadzonych projektów ani nie współpracowało z NFZ. Kontrola ustaliła również, że opóźnienie w realizacji Elektronicznej Platformy Gromadzenia, Analizy i Udostępniania Zasobów Cyfrowych wynikały z błędów popełnionych przez Ministerstwo przy przetargach.

Efektem tych wszystkich zaniedbań było m.in. utrudnienie dostosowania systemów informatycznych świadczeniodawców do wymogów ustawy o systemie informacji w ochronie zdrowia, a także to, że projekty informatyczne, w tym finansowane ze środków Unii Europejskiej mogą się okazać niekomplementarne i niekompatybilne z projektami CSIOZ.

Z raportu NIK wynika, że systemy teleinformatyczne w prawie jednej trzeciej szpitali (30,9 proc.) miały charakter rozproszony i składały się z wielu niewspółpracujących podsystemów. Wyposażenie świadczeniodawców w oprogramowanie informatyczne, łącza internetowe o dużej przepustowości oraz sprzęt medyczny, umożliwiający cyfrowy zapis wyników badań oraz prowadzenie elektronicznej dokumentacji medycznej było niewystarczające do realizacji zadań wynikających z ustawy o systemie informacji. Braki te wynikają między innymi z tego, że placówki medyczne nie mają środków na modernizację systemów informatycznych. Poza doinwestowaniem potrzebne są też jasne i precyzyjne normy określające podstawowe parametry budowanych systemów.

NIK wytknął również to, że w poszczególnych województwach informatyzuje się placówki służby zdrowia w różnym tempie, a dodatkowo działania te nie są skorelowane z tym, co robi Centrum.

W ocenie NIK w takich warunkach Programu Informatyzacji Ochrony Zdrowia nie da się zrealizować, bo nawet jeśli system uda się wdrożyć, to nie będzie efektywnie funkcjonował.