Na łamach Computerworld pisaliśmy wielokrotnie o tym, że korzystanie ze Skype może powodować zagrożenie dla sieci lokalnej, gdyż za pomocą Skype API można przeskanować sieć lokalną przedsiębiorstwa. Skype oferuje także szyfrowany tunel komunikacyjny, który może posłużyć do przesłania dowolnego połączenia. Najpoważniejszym z zarzutów jest jednak możliwość zdalnego przechwycenia kluczy wykorzystywanych do szyfrowania połączenia.

Sama aplikacja jest napisana w taki sposób, aby maksymalnie utrudnić analizę kodu, stosowane są bardzo zaawansowane sztuczki, które mają na celu utrudnienie rozpoznania za pomocą debuggera. Dodatkowo sama transmisja danych VoIP przez Internet także jest opracowana w sposób maksymalnie utrudniający analizę protokołu. Wbrew temu, co sądzono na początku analizy działania Skype, algorytm RC4 służy wyłącznie do utrudnienia rozpoznania, jego zadaniem nie jest zapewnienie prywatności korespondencji. Szyfrowanie samej transmisji odbywa się po autoryzacji użytkowników, właściciel sieci dysponuje informacjami, które wystarczają do odtworzenia klucza dla każdej z sesji. Zatem do odzyskania informacji przesyłanej za pomocą takiej sieci wystarczy przechwycenie komunikacji i odzyskanie kluczy przez operatora sieci. Dla kontrastu - wykorzystanie w korporacji telefonii VoIP na przykład z użyciem protokołu SIP wewnątrz tunelu VPN sprawia, że odtworzenie rozmów jedynie na podstawie pakietów wysyłanych przez sieć nie jest możliwe nawet przez operatora telekomunikacyjnego czy producenta rozwiązań VoIP.