Należy podkreślić, że wynagrodzenie przewidziane dla Prokom Soft-ware SA, jako wykonawcy oprogramowania, stanowiło żenująco małą część budżetu projektu - zaledwie 0,2 mln ecu. Równolegle do projektów zleconych Berenschott, firma Positive SA miała za zadanie przeprowadzić migrację danych z dotychczasowych baz danych do centralnej bazy danych Systemu CEPiK.

Pierwotne założenia Systemu CEPiK zakładały 3-szczeblową architekturę: punkty rejestracyjne w urzędach rejonowych, bazy wojewódzkie w Terenowych Bankach Danych i bazę centralną w MSWiA. Do wdrożenia pilotażowego wybrano województwa, posiadające różne platformy systemowe. Były to więc: województwo lubelskie (z komputerem IBM S/390), województwo łódzkie (z komputerem IBM AS/400) i województwo częstochowskie (z serwerem unixowym). Ich wybór podyktowany był potrzebą zebrania doświadczeń, wynikających z pracy na różnych platformach systemowych.

Nieprawdziwa jest podana przez autora artykułu informacja, iż w Lublinie miała zostać stworzona wzorcowa centralna baza danych, w Łodzi - wzorcowa aplikacja dla województw, a w Częstochowie - aplikacja dla biur rejestracji.

W lutym 1998 r. MSWiA zmieniło koncepcję architektury systemu na 2-szczeblową z bazą centralną w MSWiA oraz punktami rejestracji w rejonie, zachowując przy tym możliwość stworzenia repliki części bazy centralnej w województwie.

Przeprowadzona latem 1998 r. reforma administracyjna kraju spowodowała, iż województwa częstochowskie i łódzkie przestały być zainteresowane uczestnictwem w projekcie pilotażowym. Wdrożenie miało odbywać się tylko w Lubelskiem. Na początku kolejnego roku wprowadzono zmianę podmiotu prowadzącego ewidencję - urzędy rejonowe zastąpiły starostwa.

Prokom Software SA przystąpił do tworzenia oprogramowania Systemu CEPiK w oparciu na specyfikacji systemu przygotowanej przez firmę AJS, przy współudziale firm Unicorn i Positive. Była to oficjalna specyfikacja funkcjonalna projektu i odzwierciedlała stan prawny z czerwca 1998 r., charakteryzujący się brakiem większości rozporządzeń wykonawczych do ustawy - Prawo o ruchu drogowym, w tym podstawowych dla funkcjonowania Systemu CEPiK rozporządzeń, które określały tworzoną centralną ewidencję pojazdów i kierowców.

W październiku 1998 r. MSWiA zmuszone było dokonać istotnej zmiany w założeniach projektu, dotyczącej zmiany sposobu dostępu do bazy PESEL, z której System CEPiK korzysta do weryfikacji wprowadzonych danych. Zmiana ta wiązała się z dokonaniem poważnych modyfikacji w oprogramowaniu i w rezultacie przesunięciem terminu zakończenia prac. W okresie kwiecień-czerwiec 1999 r., tj. po zakończeniu projektu pilotowego CEPiK, Ministerstwo Transportu i Gospodarki Morskiej ogłosiło ponad 15 rozporządzeń, które nie mogły być uwzględnione w przekazanej wcześniej wersji oprogramowania i spowodowały konieczność kolejnej jego modyfikacji. Jednocześnie w trakcie prowadzenia testów w starostwach, uczestniczących w pilotażowym wdrożeniu Systemu CEPiK, wyszły na jaw braki w specyfikacji systemu. Dlatego też w czerwcu 1999 r. Prokom Software SA wystosował do MSWiA ofertę szybkiego przygotowania i wdrożenia wersji eksploatacyjnej, która uwzględniałaby nowy stan prawny oraz dodatkowe życzenia zgłoszone przez starostwa w związku z funkcjonalnością systemu.