Jednym z atutów przemawiających za wdrożeniem systemów zintegrowanej telekomunikacji jest większe bezpieczeństwo w porównaniu z publicznie dostępnymi rozwiązaniami IM.

Klienckie oprogramowanie do obsługi zintegrowanej komunikacji, takie jak IBM SameTime, Cisco Unified Personal Communicator lub Microsoft Office Communicator, obok innych zaawansowanych funkcji, jak automatyczna detekcja obecności/dostępności rozmówców i szybkie uruchamianie internetowych połączeń tele- lub wideokonferencyjnych, oferuje również możliwość korzystania z systemu wiadomości natychmiastowych IM (Instant Messaging).

Warto podkreślić, że mechanizmy IM zintegrowane w pakietach UC są z reguły znacznie bardziej bezpieczne niż w wypadku korzystania z publicznych, szeroko dostępnych systemów IM, jak Skype, GoogleTalk lub Gadu-Gadu. Trudno jednak oczekiwać, aby przedsiębiorstwa lub korporacje zaczęły masowo korzystać z systemów UC i całkowicie eliminować możliwość korzystania z publicznych usług IM. Tak uważa Eric Lai z Computerworld USA i dodaje, że "większość firm wdrażających UC będzie raczej zachęcać pracowników do korzystania z bezpieczniejszych kanałów komunikacyjnych, starając się jednocześnie monitorować i zarządzać kanałami mniej bezpiecznymi".

Bowiem eliminacja możliwości korzystania z publicznych połączeń IM nie tylko jest trudna, ale przede wszystkim grozi ograniczeniem produktywności i przekształceniem firmowego systemu IT w bezpieczniejszą, ale odizolowaną wyspę.

Nie ulega jednak wątpliwości, że wiele problemów dotyczących bezpieczeństwa IM można wyeliminować wdrażając firmowy system UC. Wówczas bowiem serwer zarządzający komunikacją jest pod pełną kontrolą, możliwa jest zaawansowana autentykacja użytkowników, filtrowanie ruchu, zabezpieczanie przed wyciekiem ważnych informacji, a także ochrona transmisji przez jej automatyczne szyfrowanie.