System umożliwia prowadzenie rejestracji, grafików pracy, dokumentacji medycznej, zlecanie badań. Razem z modułami podstawowymi w szpitalu zaimplementowano moduły specjalizowane: zakażenia szpitalne, archiwum elektroniczne, blok operacyjny, apteka, laboratorium diagnostyczne. System umożliwia dokonywanie rozliczeń kontraktów, wyznaczanie jednorodnych grup pacjentów, prowadzenie statystyk medycznych. Pozwala na elektroniczną identyfikację pacjentów poprzez automatyczne drukowanie opaski z unikatowym numerem przy przyjęciu do szpitala. Medicus On-Line obsługuje moduł automatycznej weryfikacji pacjentów poprzez system elektronicznej weryfikacji uprawnień świadczeniobiorców. System wyposażony jest w moduł analityczny, który pozwala na prowadzenie analizy kosztów.