Wiedza, doświadczenie i systemy Lenovo HPC Systems – to recepta firmy Biogemma na przyspieszenie badań genomicznych


W Lenovo często mówimy, że nasze produkty i eksperci HPC pozwalają każdego dnia zadziwiać świat. Widzieliśmy, jak klienci używali naszego sprzętu chyba do wszystkiego – od badań sejsmicznych i modelowania pogody, po dynamikę cieczy i projektowanie CAD.

Wiedza, doświadczenie i systemy Lenovo HPC Systems – to recepta firmy Biogemma na przyspieszenie badań genomicznych
Nauki przyrodnicze i branża biotechnologiczna także szeroko wykorzystują IT w prowadzonych badaniach. Umożliwia im to szybsze zrozumienie, jak działają procesy biologiczne. Ta wiedza może prowadzić do odkryć, które będą miały trwały wpływ na nas wszystkich - mogą to być leki, które przyjmujemy, albo pokarmy, które jemy.

Biogemma to jedna z takich firm biotechnologicznych, która prowadzi fascynujące badania w obszarze genomiki roślin. I wykorzystuje do tego systemy Lenovo. Ich badania koncentrują się na uodpornianiu roślin na warunki środowiskowe, takie jak choroby i susze. Celem jest osiągnięcie większych zbiorów. Biogemma zmagała się z dwoma połączonymi problemami, które wymagały zastosowania dwóch różnych rozwiązań IT: jednego do analizy dużych wolumenów sekwencji genetycznych powstających w trakcie badań bioinformatycznych; drugiego – skalowalnego systemu przetwarzania równoległego, który pozwoliłby szybko i efektywnie wykonywać porównania statystyczne pomiędzy milionami sekwencji genów.

Tak jak w przypadku większości firm biotechnologicznych, Biogemma chciała kupić jedno rozwiązanie, które rozstrzygnęłoby obydwa problemy.

Na potrzeby obciążeń bioinformatycznych wymagających dużych ilości pamięci dla każdego z rdzeni procesorowych, Biogemma wdrożyła serwer Lenovo System x3850 X6 wyposażony w procesory Intel Xeon E7 z 48 rdzeniami i 1,5 TB pamięci. Natomiast z myślą o statystycznych obciążeniach przetwarzanych równolegle, firma uruchomiła 36-węzłowy klaster Lenovo NeXtScale nx360 M5. Każdy węzeł wyposażono w dwa 12-rdzeniowe procesory Intel Xeon E5 – co dało łącznie 864 rdzenie i wydajność na poziomie 34,5 teraflopa.

Według Nathalie Rivière, menedżera ds. bioinformatyki w Biogemma: „Wybraliśmy rozwiązanie zaproponowane przez firmę Lenovo i jej partnera, Serviware, częściowo na podstawie wskaźnika cena-wydajność, a częściowo ze względu na ekspertyzę obydwu firm, która była widoczna w trakcie procesu benchmarkowania, który pomógł nam zoptymalizować rozwiązanie i dostroić do niego nasze aplikacje. Ich doświadczenie pomogło nam także znacząco poprawić harmonogramowanie oraz priorytetyzowanie zadań obliczeniowych.” Rezultaty? „Zadanie, które zwykle trwało jeden dzień, obecnie realizowane jest w ciągu kilku godzin czy nawet minut – to poprawa na poziomie 99%” – mówi Rivière.

Więcej informacji na temat rozwiązania w Biogemma można znaleźć w opublikowanym case study.

Zapisz się na bezpłatny newsletter. Dowiesz się o webinarach, nowych case study oraz white paperach.