Niektóre aplikacje biznesowe, pisane przed kilku laty, wykorzystywały niestandardowe opcje Internet Explorera. Oprogramowanie (na przykład niektóre portale integrowane z systemem ERP SAP) działa dobrze wyłącznie z IE6, zatem firma, która zamierza wdrożyć Windows 7 lub choćby inną, lepszą i nowocześniejszą przeglądarkę, musi rozwiązać problem niekompatybilności źle napisanej aplikacji. Według ankiety przeprowadzanej przez Gartnera wśród firm nadal wykorzystujących IE6, 40% aplikacji napisanych dla IE6 nie będzie działać w żadnej innej przeglądarce, w tym IE8. Chociaż IE8 posiada opcje kompatybilności ze starszymi wersjami IE, nie obejmuje to emulowania zachowania przestarzałego i niezgodnego IE6.

Według Gartnera, w roku 2014, gdy skończy się wsparcie techniczne dla Windows XP, problemy wynikające z niezgodności aplikacji pisanych dla IE6 będą powodem kosztownych i czasochłonnych prac wdrożeniowych w 20% ogółu procesów migracji do Windows 7. Zatem firmy mają wybór - albo zmodyfikować aplikację, by działała w nowszych przeglądarkach, albo nadal w jakiś sposób korzystać z przestarzałego Internet Explorera 6.

Problem niezgodności aplikacji można rozwiązać na kilka sposobów, niektóre są tymczasowe, większość wykorzystuje wirtualizację i żaden z nich nie jest doskonały.

Naprawić aplikację

To może być najtrudniejsza operacja, gdyż mało kto ma dostęp do kodu źródłowego zamkniętych programów. Ponadto stosowane wtedy technologie własnościowe, takie jak ActiveX, sprawiają, że znaczną część kodu trzeba będzie napisać od nowa. Najmniej problemów sprawiają aplikacje, które odwołują się do niestandardowego zachowania motoru IE6 i nie wykorzystują ActiveX. Proces modyfikacji aplikacji będzie na pewno kosztowny, ale poprawnie przeprowadzona modernizacja sprawi, że oprogramowanie będzie zgodne z każdą standardową przeglądarką, w tym taką, wbudowaną w urządzenia przenośne.

Podmienić kod w przeglądarce

Jeśli aplikacja nie używa ActiveX, ale korzysta z niestandardowego kodu JavaScript lub bazuje na specyficznych opcjach właściwych wyłącznie dla IE6, można dokonać podmiany kodu w przeglądarce. Do tego celu można posłużyć się przeglądarką Firefox wyposażoną w dodatek Greasemonkey. Można opracować skrypty, które po uruchomieniu na stronie wymagającej IE6, podmienią w locie kod źródłowy HTML w taki sposób, by strona działała poprawnie w Firefoksie. Jest to pracochłonna metoda, wymagająca opracowania wielu skryptów oraz trudna we wdrożeniu, ale nie potrzeba już ani IE6, ani modyfikacji aplikacji.