W okresie programowym 2007-2013 współpraca w wymiarze transgranicznym, transnarodowym i międzyregionalnym promowana będzie w ramach odrębnego, nowego celu polityki spójności Unii Europejskiej "Europejska Współpraca Terytorialna".

Inicjatywa ta wychodzi naprzeciw rosnącemu znaczeniu współpracy terytorialnej w Unii Europejskiej. O randze tego zjawiska świadczy również zwiększenie wysokości środków z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego przeznaczonych na realizację międzynarodowych przedsięwzięć promujących współpracę pomiędzy partnerami pochodzącymi z krajów UE, a między krajami unijnymi i krajami sąsiadującymi z Unią Europejską. W latach 2007-2013 na rozwój współpracy terytorialnej przeznaczonych zostanie ogółem w ramach Unii Europejskiej 7,75 mld euro.

Polska, z racji swojego położenia geograficznego oraz dużego zainteresowania polskich partnerów, na poziomie kraju czy poszczególnych regionów, rozwojem współpracy terytorialnej, może stać się jednym z głównych beneficjentów programów realizowanych w ramach celu "Europejska Współpraca Terytorialna".

Przewiduje się realizację następujących programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej z udziałem Polski:

• współpraca transgraniczna:
  • trzy dwustronne programy na granicy polsko-niemieckiej (z udziałem Meklemburgii, Brandenburgii i Saksonii)
  • Polska - Republika Czeska (Program Operacyjny Współpracy Transgranicznej Republika Czeska - Rzeczpospolita Polska)
  • Polska - Słowacja (Program Operacyjny Współpracy Transgranicznej Rzeczpospolita Polska - Republika Słowacka)
  • Polska - Litwa
  • Polska - Szwecja - Dania (Południowy Bałtyk)
• współpraca transnarodowa:
  • obszar Europy Środkowo--Wschodniej
  • region Morza Bałtyckiego (Program Europejskiej Współpracy Terytorialnej Regionu Morza Bałtyckiego)
• program współpracy międzyregionalnej obejmujący całe terytorium UE.

Na granicach zewnętrznych Unii Europejskiej współpraca transgraniczna z sąsiednimi krajami partnerskimi będzie wspierana ze środków Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa. W ramach tego instrumentu z udziałem Polski realizowane będą programy współpracy transgranicznej z Ukrainą, Białorusią oraz z Obwodem Kaliningradzkim Federacji Rosyjskiej.

W projektach programów współpracy terytorialnej znajdują się również propozycje działań związanych w różny sposób z wykorzystaniem technik informacyjnych, rozwojem infrastruktury społeczeństwa informacyjnego czy innowacyjnej gospodarki. W priorytetach Programu Europejskiej Współpracy Terytorialnej Regionu Morza Bałtyckiego znalazło się promowanie innowacji w całym regionie Morza Bałtyckiego oraz promowanie konkurencyjnych miast i regionów. W Programie Operacyjnym Współpracy Przygranicznej Polska (województwo lubuskie) - Brandenburgia są priorytety dotyczące rozwoju infrastruktury oraz współpracy sektorów gospodarki i nauki. W obszarach wsparcia Programu Operacyjnego Współpracy Transgranicznej Republika Czeska - Rzeczpospolita Polska umieszczono technologie informacyjne i komunikacyjne.