Wydawać by się mogło, że kwestia opodatkowania licencji na oprogramowanie została rozstrzygnięta z chwilą wejścia w życie znowelizowanej Ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Zgodnie z nowelizacją sprzedaż licencji i sublicencji, w tym również licencji na oprogramowanie komputerowe, została - jako usługa - obłożona 22-proc. VAT-em.

Wcześniej sprzedaż licencji była wolna od opodatkowania. W pewnym okresie urzędy skarbowe masowo oskarżały firmy IT o nieodprowadzanie podatku VAT i sprzedaż towarów pod przykrywką licencji. Urzędnicy ponownie wzięli na cel firmy komputerowe. Według przedstawicieli PIIiT kontrole są prowadzone w połowie z kilkunastu największych firm IT. Obszarem zainteresowań urzędników jest podatek od licencji oraz nieuregulowany dotąd problem dotyczący opłat związanych z prawami autorskimi.