W hierarchicznej organizacji funkcjonalnej wszyscy pracownicy dysponujący danym zakresem umiejętności (np. inżynierowie, księgowi, specjaliści ds. marketingu) pracują w ramach jednego działu i raportują tylko jednemu menedżerowi, odpowiedzialnemu za funkcjonowanie tego działu.

W organizacji czysto projektowej wszyscy lub prawie wszyscy pracownicy przydzieleni do projektu odpowiadają wyłącznie przed menedżerem tego projektu.

Struktura macierzowa - słaba, zrównoważona lub silna - jest pośrednią strukturą organizacyjną, w której menedżerowie projektów i kierownicy działów dzielą odpowiedzialność za ustalanie priorytetów i zarządzanie pracą pracowników przydzielonych do projektów. Menedżer projektu odpowiada za jego sukces, natomiast kierownicy działów za dostarczenie mu zasobów niezbędnych do jego realizacji. Silna macierz jest zbliżona do organizacji czysto projektowej, natomiast słaba macierz ma wiele cech wspólnych z organizacją funkcjonalną.

Różnice między organizacją funkcjonalną a projektową koncentrują się wokół zakresu odpowiedzialności menedżerów projektów i członków zespołów oraz kształtu systemu komunikacji w ramach całej organizacji. W organizacji macierzowej pozycja menedżerów projektów jest silniejsza niż w organizacji funkcjonalnej, a komunikacja między pracownikami różnych działów możliwa bez pośrednictwa ich kierowników. Istnieje zatem przepływ informacji "w poziomie", a nie tylko "w pionie", wzdłuż linii podporządkowania.

Komfort tradycji

Struktura funkcjonalna działa prawidłowo, gdy organizacja jest skoncentrowana na utrzymaniu jakości i wykorzystaniu wiedzy technicznej. W ramach niezmiennej struktury hierarchicznej pracownicy działów raportują swoim kierownikom, a ci z kolei dyrektorowi generalnemu. Projekty przydzielane są pracownikom jednego działu i nadzorowane przez wyznaczonego menedżera projektu pochodzącego z tego samego działu. Informacje przepływają przede wszystkim "w pionie", zgodnie z drogą służbową. Współpraca z pracownikiem innego działu wymaga zazwyczaj zaangażowania kierowników działów.

Struktura funkcjonalna niewątpliwie osłabia autorytet i możliwości podejmowania decyzji przez menedżerów projektów, przez co wiele projektów nie kończy się sukcesem, ma jednak sporo zalet. Przede wszystkim pracownicy organizacji czują się w niej dobrze, znając swoje role, zakres władzy i odpowiedzialności, kształtujące się w dziale przez lata procesy, procedury i zwyczaje.

Struktura funkcjonalna ma również sporo wad. Na budżet i harmonogram projektów mają wpływ elementy, które pozostają poza zasięgiem władzy menedżerów projektów. Prawdziwa odpowiedzialność za projekty spoczywa więc nadal na pracownikach wyższych szczebli hierarchii.

Budżety czy plany rekrutacji i szkoleń przygotowywane są nadal dla poszczególnych działów, w oderwaniu od projektów. Wszystkie ewentualne projekty są inicjowane przez działy, a nie zewnętrzny wobec nich Dział Projektów. Trudno jest więc mówić o zarządzaniu portfelem projektów i ich priorytetyzacji. Zaangażowanie do jednego projektu pracowników różnych działów nastręcza trudności: ci ludzie tradycyjnie nie porozumiewali się ze sobą bezpośrednio, pracują w oddalonych biurach i nie podlegają formalnie władzy menedżera projektu.

Silna macierz

Struktura czysto projektowa w zasadzie nie pojawia się w praktyce, natomiast zbliżona do niej struktura silnej macierzy sprawdza się w organizacjach nastawionych na niskie koszty i sprawną realizację harmonogramu zadań. Jako model organizacji nastawionej na realizację projektów struktura ta ma wiele zalet. Wszystkie decyzje mające wpływ na przebieg i sukces projektu - planowanie budżetu, rekrutacja członków zespołu - są podejmowane przez menedżera projektu. Członkowie zespołu odpowiadają w zasadzie przed jednym menedżerem, co ogranicza możliwości powstawania konfliktów między dwoma zwierzchnikami. Menedżerowie projektów odpowiadają przed szefem biura projektów, który decyduje o priorytecie poszczególnych projektów i kontroluje ich status.

W praktyce model ten ma również nieco wad. Zazwyczaj ograniczona jest liczba pracowników dysponujących pewną wiedzą, a więc niemożliwa jest realizacja na czas wszystkich zaplanowanych projektów. Rekrutacja i szkolenie dodatkowych pracowników okazują się kosztowne i czasochłonne, między menedżerami poszczególnych projektów trwa więc wojna o ograniczone zasoby. Ponadto przejście ze struktury tradycyjnej do struktury ukierunkowanej na realizację projektów nigdy nie przebiega bezproblemowo, zawsze okazuje się ogromnym wyzwaniem w zakresie zarządzania zmianą. Osobami najbardziej dotkniętymi tą zmianą są kierownicy działów, których władza i odpowiedzialność są znacznie ograniczane na rzecz menedżerów projektów. I o nich właśnie najczęściej w procesie wprowadzania zmiany całkowicie się zapomina, co często jest przyczyną klęski całego przekształcenia.

Projekty w równowadze

Rozwiązaniem pośrednim może być macierz zrównoważona. Wymaga ona od menedżerów projektów i kierowników działów stałego doskonalenia umiejętności komunikacji i ustawicznego negocjowania dostępności zasobów. Zarządzanie pracownikami podporządkowanymi jednocześnie dwóm lub więcej zwierzchnikom okazuje się zazwyczaj dość skomplikowane, tym bardziej że władza menedżera projektu nie jest tak silnie zaznaczona jak w przypadku macierzy silnej. Stale zmieniające się role i zakres odpowiedzialności pracowników wymagają opracowania efektywnego systemu komunikacji. Organizacja tego rodzaju sprawdza się jednak, jeśli mniej niż połowa pracowników jest zaangażowana do rozmaitych projektów.