Aplikacja rozwijana w modelu zamkniętym, dostarczana w skompilowanej wersji do końcowych użytkowników, jest bardzo trudna do analizy. Może zawierać różne składniki kodu, które nie podlegają audytowi. Problem dotyczy nie tylko aplikacji core business, ale także wielu programów, czasami bardzo popularnych.

Jednym z powodów ograniczonego zaufania przy zastosowaniach wymagających szczególnego poziomu bezpieczeństwa jest historia rozwoju niektórych programów, która wskazuje na to, że firmy produkujące oprogramowanie czasami ulegają presji różnych instytucji rządowych w krajach, takich jak Stany Zjednoczone. Przypadek ten dotyczy np. oprogramowania Lotus Notes 4. W latach 1996-1999 ta platforma komunikacji i pracy grupowej była reklamowana jako znacznie bezpieczniejsza od systemów głównego konkurenta - Microsoftu. Tymczasem międzynarodowa wersja tego oprogramowania wykorzystywała bardzo osłabiony system kryptograficzny. W tym czasie algorytmy kryptograficzne o mocy 64 bitów były na tyle silne, że ich złamanie było bardzo trudne. Ale słabsza, udostępniona na rynku międzynarodowym wersja była o wiele łatwiejsza do złamania. Mechanizm konstrukcji klucza wyjaśnia to bardzo dokładnie, jest dostępny w dokumencie IBM Redbook (www.redbooks.ibm.com/abstracts/sg245341.html) na stronie 80, choć dokumentacja dotycząca współpracy z amerykańską agencją NSA (National Security Agency) została usunięta.

Ówczesna wersja systemu Lotus Notes używała klucza o długości 64 bitów, ale wersja międzynarodowa - nazywana eksportową - wysyłała 24 bity tego klucza zaszyfrowane za pomocą publicznego klucza utworzonego przez NSA. Przy realnej długości klucza rzędu 40 bitów, złamanie szyfru przez NSA było kwestią sekund. W 1996 r. udowodniono, że zabezpieczono się także przed próbami modyfikacji wiadomości i bardzo dużo danych było wysyłanych razem z wiadomością, skutkując dalszym osłabieniem siły zabezpieczenia treści. Trudno dziś ocenić ile wiadomości pochodzących z europejskich firm zostało przechwyconych i deszyfrowanych przez NSA.

Umieszczenie tylnych drzwi dla amerykańskiej agencji NSA spowodowało bardzo poważne zarzuty i niechęć europejskich firm, które całkiem słusznie obawiały się szpiegostwa przemysłowego. Wersja Lotus Notes 4 wydana na rynek francuski była jeszcze słabsza, gdyż korzystała z klucza o długości 40 bitów, co w żaden sposób nie mogło zabezpieczyć poufności transmisji. W tym czasie jednak we Francji obowiązywało prawo, które zakazywało szyfrowania wiadomości wysyłanych przez zwykłych użytkowników. Właśnie z tego powodu Netscape - zapomniany producent przeglądarki internetowej o tej samej nazwie - przygotowywała osobne wersje oprogramowania Netscape Navigator i Netscape Communicator przeznaczone dla francuskich użytkowników. W tych edycjach siła szyfrowania danych była bardzo mocno ograniczona. To samo dotyczyło oprogramowania klienta SSH.